Luis, você pode fazer isso criando um script php. Para isso, veja comandos SQL que pode gerar isso.
- Relatório de nota final de todos os alunos e em todos os cursos do Moodle com comando SQL
- Lista de nota fanal de todos os alunos em todos os cursos do Moodle com comando SQL
- Listar alunos com e sem nota num determinado item de avaliação do Moodle com SQL
Uma outra alternativa é usar o webservice do Moodle. Isso em caso de conexão remota.