Julia,
Pela documentação do webservice a função traz a lista de notas dos alunos em todas as atividades. Se passar parâmetro de um aluno, traz só daquele aluno em específico.
Veja se os alunos que não estão vindo estão com status ativos. Gere relatório via SQL e compare com as informações que vem no webservice. Para SQL, veja esse link
Gerar lista de nota dos alunos de uma determinada atividade do Moodle pelo número de identificação