Vanessa,
Conclusão do curso é controlado na tabela mdl_course_completions e conclusão de atividades na tabela mdl_course_modules_completion são processos separados. Geralmente, se o aluno concluiu o curso na tabela mdl_course_completions se entende que já concluiu as atividades necessárias para tal na tabela mdl_course_modules_completion
Veja como um processo administrativo e não técnico. Nos desenvolvimento que faço, se concluir o curso, automaticamente dou 100% concluído.
Sobre o comando SQL, veja esse post:
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=611&parent=854
Relatório de usuários que concluíram curso no Moodle com comando SQL
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=399
Verificar se o aluno completou o curso no Moodle com comando SQL
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=183
Rastrear progresso / quantidade de atividades no curso do Moodle que o aluno concluiu com comando SQL
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=289
Gerar relatório de concluintes consolidado por atividades de um curso do Moodle com comando SQL
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=593
Mapear controle de progresso de atividade no Moodle com comando SQL
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=36
Listar alunos que concluíram uma atividade do curso do Moodle com comando SQL
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=592