Emanuelle,
A integração do Moodle com outros sistema é possível por meio das seguintes interfaces:
a) Plugins do Moodle
No Moodle existe plugin que permite integração com sistemas externos como login e inscrição no curso. São plugins de autenticação na base de dados externa e inscrição na base de dados externo. Também via plugin pode ser criado plugin de relatórios que puxa informações do sistema externo e gera relatórios no Moodle;
b) Webserivce
Um outro canal é usar webservice do Moodle. Neste caso um sistema externo usa webservice para consultar e trocar dados com Moodle. Em caso de relatórios em um sistema externo que puxa dados do Moodle pode ser usado essa estratégia.
c) Acesso banco de dados
A integração por esse canal oferece mais liberdade, porém requer conhecimento do SQL e estrutura das tabelas do Moodle. Também, pode-se criar um plugin do Moodle como webservice para ser consumido em um sistema externo.
A melhor alternativa deve ser analisado em função do contexto específicos. Para lhe auxiliar com informações mais específicas, detalhe um pouco que relatório precisa gerar no Moodle ou exportar para sistema externo.