Luciano,
Para resetar progresso dos alunos, você precisa excluir informação duas tabelas:
- mdl_course_completions - Registro de alunos que concluiram courso
- mdl_course_modules_completion - Registro de alunos que concluiram atividades do curso
A exclusão deve ser feita para cada aluno e em cada curso. Para resetar atividades para alunos efetuar novamente, siga a lógica deste post: http://moodlesql.blogspot.com.br/2010/10/apagar-nota-atividades-e-log-do-aluno.html