A plataforma Moodle guarda os arquivos de upload na pasta moodledata.
A partir da versão 2.x esses arquivos são registrados no bando de dados. Sendo assim, a pasta moodledata é sincronizada com banco de dados.
Deste modo, nunca apague arquivos do moodledata, a não ser o conteúdo do cache. Se apagar os aquivos direto do moodledata vai gerar inconsistência. O moodle pode dar pane. Se precisar apagar os arquivos, o recomendado é mapear os arquivos na interface gráfica e e apagar pela interface.