A medida que você vai fazendo backup e restauração de cursos no Moodle, o arquivo gerado no backup vai ficando guardado no moodledata. Isso vai consumindo espaço no seu disco.
Para limpar esses arquivos de forma segura, siga os seguintes passos:
1) Entre no Moodle como senha de admin;
2) No bloco de administração da página principal, clique no link restaurar. Feito isso será exibido a lista de backup gerados em vários cursos;
3) Clique no botão Gerenciar os arquivos do backup, feito isso, será exibido o repositório de arquivo dos backup;
4) Clique em cada arquivo e exclua na opção excluir;
Esse procedimento funciona na versão 2.x do Moodle. Apagando dessa forma, não terás dor de cabeça com o Moodle, pelo menos é o que se espera.