Para criar um novo thema no Moodle a partir do thema padrão do Moodle, basta copiar o thema padrão e criar um outro thema com nome deferente. Vamos usar o theam clean como exemplo. Mas a regra se aplica para qualquer thema.
Vamos criar um thema chamado badiu a partir do thema clean do Moodle. Para isso, siga os seguintes passos:
1) Clone a pasta clean que fica em MOODLE_DIR_INSTALL/theme e recrie um novo thema com nome badiu. A cópia da pasta clean deve ficar com nome badiu;
2) Entre na pasta badiu localize todos os arquivos, funções, variáveis com nome ou prefixo do nome clean e altere para badiu. Faça isso em todas as pastas/subpastas e arquivos. Evite dar um replace automático já que pode haver situações que a alteração não se aplica.
3) Processe a instalação do novo thema. Siga instruções nesse link: http://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=271 se der certo, agora é só definir o novo thema como padrão. Para isso, siga instruções nesse post: http://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=272
Observação
Caso ocorra um erro na instalação é necessário rever as a substituição das no nome / prefixo feito no passo anterior.
Isso tudo que precisa ser feito para criar um novo thema do Moodle. Agora é só customizar o novo thema. Essa estratégia de gerar um novo thema a partir de um já existente evita hacker no código, o que garante atualização para versões futuras sem sobrescrever códigos já implementados.