Bruno,
Respondendo a sua pergunta registrada no comentário do blog: http://moodleeduc.blogspot.com/2012/06/mudar-tema-do-curso-no-moodle.html?showComment=1433333197169#c5386234770835201294
É possível sim que em cada curso você tenha cores diferentes no tema. Mas para isso vejo duas alternativas:
Alternativa I - Criar um tema para cada curso
a) Para cada curso, crie um tema diferente. Como está usando o tema essential, clone esse tema e recrie um novo tema, como essentialcurso1, essentialcurso2 etc. Para cada tema aplique as cores e designer que desejar.
b) Para cada curso, configure o tema específico. Tipo curso1 ao thema essentialcurso1 e curso2 essentialcurso2.
Alternativa II - Parametrizar o tema para cada curso
a) No thema essential, faça uma customização no código para exibir a cor em função do id do curso. Você captura a variável global $COURSE->id. Se $COURSE->id for do curso 1, aplique cor x. Se for curso 2 aplique cor y.
b) Os cursos não precisa de tema customizado. O tema global já vem parametriziado para mudar o layout em função do curso.