Quando você faz a migração do site Moodle de um servidor para outro conforme explica o post http://moodleeduc.blogspot.com.br/2010/11/mudar-moodle-de-servidor.html é necessário ter alguns cuidados tais como:
1) Para garantir que a transferência do banco de dados seja feita à integra e sem erro, compare o banco de dados restaurada com o banco de dados original no que tange a quantidade de tabelas, quantidade de registro em algumas tabelas como mdl_user, mdl_log, mdl_config, mdl_config_plugins etc... os dados devem bater. Se no banco que foi restaurada os dados estiverem diferente é sinal que ocorreu alguma falha no processo de backup/restauração do banco;
2) Caso o seu banco de dados for grande, ou seja, acima de 20 MB e dependendo da capacidade da sua conexão, é recomendável é usar backup/restauração pela linha de comando e não na interface gráfica como phpMyAdmin;
3) A pasta moodledata deve ser compactada. O arquivo compactado deve ser transferido para novo servidor e depois descompactado. Deve ser evitado a transferência direta da pasta de um servidor para outro sem compactar. Se transferir a pasta sem compactar pode ser que algum arquivo fique corrompido ou até não ser transferido;
4) Após transferir a pasta moodledata, é recomendável comparar o seu tamanho e quantidade de arquivos com a pasta original;
5) É recomendável fazer um checklist sobre a configuração do arquivo config.php sobre o novo endereço url de acesso ao site, endereço da pasta moodledata;
6) É necessário atribuir permissão de escrita na pasta moodledata;
Esses procedimentos minimizam as chances de erro ao transferir o Moodle de um servidor para outro.