Quando ocorre duplicação de matrícula no Moodle, essa duplicação também ocorre no sistema Badiu GMoodle. Neste caso, a alternativa é alterar o status da matrícula para cancelado no GMoodle.
Veja vídeo que explica como fazer isso:
https://drive.google.com/file/d/0B6CxQHWpSG39NDRhcG9WWElkQW8/view