Para excluir definitivamente usuários da PlataformaMoodle via interface gráfica, siga os seguinte passos:
1) Acesse Moodle com senha de admin
2) No bloco de administração do site, navegue em:
Usuários / ► Contas / ► Mostrar lista de usuários
ou coloque no navegador o seguinte url:
MOODLE_URL/admin/user.php
Feito isso, será listado os usuários cadastrados.
3) Para excluir usuário, basta clicar no ícone de exclusão (x) na última coluna.
Quando um usuário for deletado do Moodle via interface gráfica, o Moodle por padrão, não exclui este usuário do banco.
O Moodle altera a coluna deleted da tabela do usuário mdl_user com o valor 1.
Para excluir um determinado usuário via banco de dados utilizando o id do usuário, siga o seguinte comando sql:
DELETE FROM mdl_user WHERE id=?
Passa o parâmetro id do usuário no id.
Para explorar com mais detalhe este assunto de exclusão de usuários, mais especificamente, excluir historico de nota e log, leia este post:
http://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=162