Kerolym,
Para apagar nota de um determinado aluno em um curso, é necessário apagar na tabela geral de nota mdl_grade_grades e também em todas as tabelas de cada atividade do plugin usado para realizar avaliação.
Dê uma olhada nesse post que explica comandos para apagar nota
Apagar Nota, Atividades e Log do Aluno no Curso do Moodle com Comando SQL
http://moodlesql.blogspot.com.br/2010/10/apagar-nota-atividades-e-log-do-aluno.html
A partir da lógica explicado no post acima, monta os comandos SQL específicos para atender sua necessidade. Caso precise de algum auxilio, pode compartilha arqui.