Jéssica,
Na plataforma Moodle há duas camadas de nota. A nota da atividade e o quadro geral de nota. Cada camada tem suas próprias tabelas que armazena. No caso da primeira camada, a tabela varia em função do plugin que foi usado para gerar nota. Já na segunda camada, se tratada uma tabela geral do core do Moodle que consolida as notas. Esta tabela replica as notas das tabelas da primeira camada.
Existe uma configuração no Moodle que que bloqueia a replicação de nota da camada 1 para a camada 2. O problema que você reporta realmente acontece quando essa configuração estiver habilitado. Essa configuração é por aluno e por item de avaliação específica.
A alternativa neste caso é desativar a sobreposição de nota na camada 2, ou seja, quadro geral de nota. Isso pode ser feita pela interface gráfica ou via comando SQL.
Siga orientação nos links a seguir que vai conseguir resolver. Se não conseguir, poste aqui.
Desativar sobreposição de nota na interface gráfica
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=231&parent=638
Desativar sobreposição de nota via SQL
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=231