Bom dia amigos, vou compartilhar uma forma que utilizo em meu trabalho.
Primeiramente, não sei se você exibe para o aluno esta estrutura de categorias que você postou na pergunta. Entendo que o ideal seja apresentar ao aluno a página my, onde ele vê apenas as disciplinas que pertencem à sua grade curricular do semestre vigente.
Quanto à disciplina: na "Categoria Graduação", crie uma categoria chamada "Disciplinas Online" e nesta categoria, coloque as disciplinas que são comuns a todos os cursos.
Quanto às turmas, faça inscrição via sincronização por Cohort. Crie antes os cohorts com o nome da turma ou curso do aluno na faculdade. Depois coloque os alunos em cada cohort.
Assim, pode criar apenas uma disciplina e usar este método de inscrição. É mais organizado no caso do professor precisar disponibilizar conteúdo exclusivo por turma, sem precisar de ter mais de 1 curso, já que as restrições do Moodle podem ser configuradas para visualização por cohort.
Dessa forma, quando o aluno acessar o ambiente, verá suas disciplinas do semestre no painel my, e não importará a categoria em que estará a disciplina comum a todos os cursos.
Bom, é assim que fazemos por aqui e tem dado muito certo! Espero ter ajudado! :)