Marta,
Neste caso, para alterar username dos alunos que tiver espaço em branco a alternativa eficiente seria via script php. O script deve seguir a seguinte lógica:
a) Gerar uma lista com campos id e username dos usuários que teve espaço em branco;
b) Fazer um loop na lista. Para cada registro, remover espaço em branco e efetuar update no banco só do campo username. Neste caso o objeto deve ter só dois campos: id e username.
Você pode seguir a lógica que existe neste post:
Alterar identidade de todos os usuários para anônimo no Moodle com script PHP
https://comunidade.badiu.com.br/mod/forum/discuss.php?d=235
Pode copiar o código e customizar para efetuar os passos definidos nos itens a) e b). A lógica é bem parecida.
Alterar identidade de todos os usuários para anônimo no Moodle com script PHP