Marcelo,
Para implementar essa regra de emissão de certificado vejo dois cenários possíveis, ambos requerem desenvolvimento:
a) Customizar o plugin certificado que está sendo usado para que quando o aluno vá emitir, fazer checagem se todos os requisitos definidos já forma atendidos. Neste caso, deve ser implementar essas regras no sistema. Esse tipo de customização pode também ser implementado, criando uma nova versão do plugin de certificado.
b) Criar uma página no Moodle que faz emissão de certificado. Uma página php implementado dentro do thema. Neste arquivo deve ser implementado essas regras. Esses regras serão executada sempre que o aluno tentar emitir o certificado. Deve funcionar como um filtro que intercepta o acesso a emissão do certificado. Se o aluno não atender as regras, bloqueia acesso ao link do certificado.