Olá Luiz, mas se os arquivos pdf não estão sendo exibidos corretamente, ao meu ver, não se trata de um problema de layout apenas referente ao tema.
Pense comigo, se os arquivos estão no moodledata e as referências do banco com o moodledata (contenthash) estão corretas, juntamente com o conteúdo do curso devidamente migrado corretamente. Dessa forma, os arquivos pdf teriam que ser mostrados sem problemas, certo?
Qual problema exatamente você está tendo com os PDFs? O recurso arquivo que você tem colocou o pdf não é exibido ou tem problemas para abrir esse arquivo?
Verifique qual usuário e grupo é dono da pasta moodledata e quais permissões essa pasta contém(está com permissão 777?).
Ative o seguinte debug adicionando as linhas abaixo diretamente ao final do seu config.php
@error_reporting(1023);
@ini_set('display_errors', '1');
$CFG->debug = 32767;
$CFG->debugdisplay = true;
*** Vale ressaltar que o nenhum debug ativo é recomendado para servidores em produção.
Agora tente criar um novo curso teste via interface web do Moodle e colocar recursos como arquivo e anexar um pdf etc. Veja se isso vai funcionar sem problemas ou se vai acusar algum erro.
Você tentou alterar o tema atual para algum outro dos temas nativos do Moodle para verificar se o layout é exibido corretamente?