Para desativar status de todos os cursos de uma entidade com comando SQL, siga os seguintes passos:
1) Liste os ids dos Moodles cadastrados numa entidade
SELECT id FROM gmoodle_portal WHERE entity=?
2) Liste os cursos de todos os Moodles de uma entidade
SELECT id,fullname,id_course_status FROM gmoodle_mdl_course WHERE id_portal IN(SELECT id FROM gmoodle_portal WHERE entity=?)
3) Atualize status em lote, de todos os cursos de uma entidade
UPDATE gmoodle_mdl_course SET id_course_status=NULL WHERE id_portal IN(SELECT id FROM gmoodle_portal WHERE entity=?)