Elvis,
Para evitar que alunos façam bloqueio de mensagem interna se o remetente não for da sua lista de contato, seria necessário que o Moodle tivesse opção de permissão dessa funcionalidade.
Dei uma navegada no Moodle explorando opção de permissão que impedisse usuários de realizar esse tipo de bloqueio. Não encontrei nenhuma opção. Pode ser que tenha, mas não identifiquei pela descrição na lista de permissão. Caso alguém descubra isso, favor me avise.
Tudo indica que mensagem interna é um recurso de comunicação entre usuários de forma livre. Para tornar isso um recurso de comunicação entre tutor e aluno, seria necessário fazer um hacker de código para evitar que aluno habilita configuração de bloqueio. Uma solução eficiente que vejo para troca de mensagem privada entre tutor / aluno é o plugin dialog: https://moodle.org/plugins/mod_dialogue já usei esse recurso. Funciona muito bem. É uma espécie de fórum privado. Pode funcionar como um sistema de ticket.