Alissa,
Já está implementado a opção de escolher qual serviço SMTP deve ser usado para disparar e-mail ao configurar uma agenda. Por padrão, vem configurado SMTP configurado na plataforma de serviço. Há opção de selecionar serviço SMTP configurado no seu Moodle.
Para isso, siga os seguintes passos:
Ao criar uma agenda, na aba Mensagem a ser envida por e-mail, após campo de editor de texto em que digita a mensagem, há um novo campo: Serviço SMTP para envio de mensagem como mostra a figura a seguir:
Neste campo, selecione a opção SMTP configurado na Plataforma Moodle
Feito isso, as mensagens serão disparadas pelo SMTP do Moodle. Neste caso a Plataforma de serviço envia a lista das mensagens o plugin badiunet instalado no seu Moodle. Este por sua vez, processa envio de e-mail usando API do Moodle usando configuração do SMTP cadastrado no Moodle.
Essa opção fica habilitado apenas para quem fez instalação / atualização da última versão do plugin badiunet que foi liberada em 11/10/2019 que está no link a seguir: instalar plugin de relatório Badiu MReport no Moodle
Com essa configuração, certamente as mensagens não cairão no SPAM. Se estiver caindo no SPAM o problema pode estar com o SMTP configurado no Moodle.