Leonardo,
A questão de você abordou pode ser implementado no Moodle pelo plugin do thema. O thema é plugin que gerencia a interface gráfica e navegação em todas as telas. Pode ser customizado para que quando o aluno x acessar o curso y, antes de entrar no curso, exibir uma mensagem ou termo de aceite. Isso pode ser feito, usando o conceito de proxy. Você cria uma camada de checagem todas as vezes que aluno vai acessar determinado curso ou parte do site. Se a checagem atender determinada regra, muda a rota de navegação para uma outra tela.
O arquivo do thema que permite esse controle, é layout/columns2.php de themas que herdam o boost. A regra de proxy deve ser inserida nesse arquivo. Praticamente todo o controle de navegação no site Moodle passe por esse arquivo. Dá para fazer mágica com isso.